«Интерес к приложениям машинного обучения в биоинформатике с каждым годом растет»

28–30 августа, накануне нового учебного года, факультет компьютерных наук ВШЭ провел четвертую летнюю школу по машинному обучению в биоинформатике. В этом году на событие зарегистрировались 670 человек, более 300 посетили ее очно.

Программа включала в себя лекции и семинары по различным областям биоинформатики: прикладной биоинформатике и биоинформатике ДНК, РНК и белков, элементарной геномике, современным методам анализа данных и молекулярной биологии. Лекции были дополнены практическими задачами, рассчитанными на разный уровень подготовки слушателей.

В этом году лекции и семинары школы вели преподаватели и исследователи разных подразделений Высшей школы экономики (ФКН, факультета биологии и биотехнологии, Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики, МИЭМ), а также факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ, МФТИ, Сколтеха, AIRI, Genotek, Sber AI Laboratory.

Участники и организаторы поделились своими впечатлениями о школе.

Мария Попцова, главный организатор школы, заведующая Международной лабораторией биоинформатики ФКН, академический руководитель магистратуры «Анализ данных в биологии и медицине»

Все прошло очень успешно. С удовольствием отмечаю, что интерес к приложениям машинного обучения в биоинформатике с каждым годом только растет. Об этом говорит большое количество участников, которые посещали все лекции. Мы смогли привлечь прекрасных специалистов из компаний — партнеров ФКН и ведущих университетов, и это, конечно, заметно обогатило программу.

А еще школа дала возможность людям из разных сфер и даже разных городов встретиться, познакомиться и обменяться контактами, чтобы вместе решать задачи и создавать новые проекты. Это ли не главное в нашей летней школе — интенсивный обмен знаниями, опытом и нетворкинг.

Алиса Кабалина, СПбГУ, биологический факультет

— С 11-го класса я увлеклась биоинформатикой. Эта сфера сочетает все то, что я люблю: математику, биологию и программирование. А еще мне невероятно нравится машинное обучение и искусственный интеллект. Школа мне понравилась, я узнала много нового как в области машинного обучения, так и в области биологии. Особенно полезными для меня были лекции о языковых моделях: я делаю проект по предсказанию локации белков в клетке на основе их аминокислотной последовательности.

Сложно выделить одного понравившегося лектора, у каждого свой уникальный способ подачи информации. Школа длилась всего три дня, и с каждым днем становилось все интереснее.

Я узнала новые инструменты и подходы к решению биоинформатических задач. Конечно, не каждый день оставались силы на выполнение заданий, особенно после вечерних прогулок по Москве.

Я делаю проект по применению языковых моделей к белковым последовательностям, поэтому у меня сейчас есть возможность сравнить различные модели и их эффективность для решения этой задачи. Это первое, чем я буду заниматься после летней школы. А в будущем я бы хотела принимать участие именно в разработке различных моделей и инструментов для анализа биологических данных.

Дарья Варвина, МГМУ им. И.М. Сеченова, Сколтех

— Мне интересна биоинформатика как инструмент исследований в нейронауках, в частности в молекулярной биологии и биохимии. Школу я выбрала не случайно: так как биоинформатика охватывает множество направлений (в том числе такие сложные, как наука о данных и машинное обучение), всегда есть перспективы для развития и получения новых знаний и навыков. На летней школе я узнала много новых инструментов, моделей и методов обработки данных. За возможность получить столько полезной информации очень благодарна спикерам и организаторам, это бесценный опыт!

Сама школа прошла великолепно. Крутые специалисты с рабочими инструментами, возможность отработать теоретический материал, отличная организованность сессий, новые знакомства и общение. Лучше и не придумаешь!

Больше всего запомнился и понравился лектор Вениамин Фишман. Методы обработки естественного языка как инструменты для работы с биоинформатическими данными — сложная тема для понимания, особенно для биологов. Однако Вениамин преподнес информацию доступным языком, все части доклада были понятны, а информация легко выстраивалась в связную цепочку.

Практические занятия подходили для разных уровней. Заметила для себя классную деталь — почти все спикеры разбили задачи по уровням сложности, что было большим преимуществом для всей аудитории: выбирай задачу для себя и решай, никому не было слишком сложно или слишком скучно. У меня осталось немного нерешенных задач, но это отличный повод, чтобы осмысленно пройтись по материалу еще раз дома.

Сабина Мирзаева, МГУ им. М.В. Ломоносова, химический факультет, лаборатория рибонуклеопротеидов НИИ физико-химической биологии имени. А.Н. Белозерского

— Меня интересуют сферы генетики и молекулярной биологии. Знания, полученные на летней школе, помогут мне в обработке данных и планировании экспериментов, на олимпиадах и в создании стартапа, а также позволят разговаривать с биоинформатиками на одном языке. Я узнала о самых актуальных разработках в биоинформатике, познакомилась с ведущими специалистами. Могу выделить лекцию Александра Ракитько про генетический паспорт и практикум по генотипам народов России, также понравилась возможность сохранить скрипт с практического задания и увидеть, как работают реальные пайплайны.

Дмитрий Соловей, МГУ им. М.В. Ломоносова, «Биотек Кампус», магистратура «Геномика и здоровье человека»

— Я занимаюсь геномикой человека и интересуюсь машинным и глубинным обучением, так что тематика конференции как нельзя лучше соответствует моим интересам. Школа оказалась замечательно организована, каждого лектора слушал с интересом.

Больше всего понравились и запомнились выступления Вениамина Фишмана и Дмитрия Пензара про применение к геномным данным языковых моделей и методов машинного обучения.

Вообще применение лингвистических методов к геномам — не новая идея. Сейчас горячая тема — методы обработки естественного языка с помощью глубокого обучения, какой-нибудь ChatGPT у всех на слуху. Так что я очень ждал доклад Вениамина Фишмана с его коллегами из AIRI про их трансформер GENA для решения задач геномики.

Хотелось бы больше практических заданий, контестов, домашних заданий. Я со всеми заданиями справился, даже книжку в награду дали.

Благодарю организаторов и за нетворкинг, который получился на этом ивенте, — много новых идей и полезных контактов! Хотел бы оказаться на подобной программе в формате интенсива на более длительный срок и с выполнением проектных работ.

Николай Попов, РНИМУ им. Н.И. Пирогова, лаборатория биоинформатики НИИ СБМ

— Меня интересуют биология, биоинформатика и метагеномика. Знания, полученные в летней школе, помогут мне начать применять DL в своей практике. Были очень интересные лекции Александра Ракитько, Вениамина Фишмана, Дмитрия Пензара, Дмитрия Иванкова. Но больше всего мне понравилась лекция Владимира Щура «Генетика и история популяций». Хотелось бы больше обзорных лекций, освещающих преимущества и недостатки популярных и перспективных методов. Классно, что есть творческие практические задания, понравилась возможность сохранять код с заданий, чтобы в дальнейшем рассмотреть его детально.